Joël Affolter dirige des ensembles depuis plusieurs années.Il propose un répertoire adapté aux musiciens qui les compose.Chacun a ainsi le loisir de s'exprimer dans sa spécialité, le choix des pièces et des solistes donne la qualité de la formation.
Trois big bands sont dirigés par Joël Affolter :
Le Big Band de l'EJMA composé d'étudiants de l'école de jazz et de musique actuelle à Lausanne.
Le Big Band de l'EJCM (école jurasienne et conservatoire de musique) à Delémont composé d'étudiants de l'école :